Die eigentlich recht wehrhafte Elite-Einheit G.I. Joe, mit Roadblock (Dwayne Johnson) als neuem Anführer und Captain Duke Hauser (Channing Tatum) als Elite-Spezialist, wird von einer höheren Instanz attackiert und soll vollständig ausgelöscht werden. Bei der perfide geplanten Liquidierungsaktion sterben viele Mitglieder der kampferprobten Elite-Truppe. Die Begründung, welche vonseiten der Regierung für die Bevölkerung bereitgehalten wird, besagt, dass die ehemaligen Beschützer der Nation ihre Loyalität gegenüber ihrem Land gekündigt hätten. Glaubwürdig ist dies nicht und schon bald offenbart sich, dass die zwielichtige Organisation Cobra hinter dem Anschlag auf die Joes steckt. Von diesen überlebt lediglich eine kleine Truppe bestehend unter anderem aus dem hochgewachsenen Roadblock und der verführerischen Lady Jaye (Adrianne Palicki). Die Überlebenden beschließen, der Verschwörung gegen die Nation und ihre Beschützer auf den Grund zu gehen. Unterstützung erhalten sie dabei von dem zwar etwas in die Jahre gekommenen, aber immer noch recht schlagfertigen General Joe Colton (Bruce Willis), seines Zeichens ehemaliger Gründer und Namensgeber der Elite-Einheit G.I. Joe.
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