"Franklyn" erzählt vier Geschichten in zwei Dimensionen.
Milo (Sam Riley) streift nach geplatzter Hochzeit deprimiert durchs gegenwärtige London, wo ihm immer wieder seine ehemalige Sandkastenliebe begegnet. Er hat sie über 20 Jahre nicht gesehen, bekommt sie aber nicht zu fassen.
Der Gemeindevorsteher Peter Esser (Bernard Hill) sucht seinen Sohn. Nachdem dieser traumatisiert und als psychischer Pflegefall aus dem Irak heimgekehrt war und vier Jahre in einer Anstalt verbracht hatte, nutzte er eine Gelegenheit zur Flucht.
Die Kunststudentin Emilia Bryant (Eva Green) leidet unter dem Tod ihres Vaters sowie unter ihrer versnobbten und kaltherzigen Mutter. Sie versucht in wiederholten Nahtoderfahrungen einen Sinn in ihrem Leben zu finden.
In der Megametropole Meanwhile City, die in einer anderen Dimension verortet ist, herrscht Religionszwang. Es ist egal, an was oder wen man glaubt - Hauptsache, man tut es. Alles ist der Überwachung durch ein Ministerium Orwell’schen Typus' ausgesetzt, das keine Devianz duldet. Kein Wunder, dass Jonathan Preest (Ryan Phillippe), der einzige Ungläubige, auf der Fahndungsliste des Ministeriums an erster Stelle steht. Doch der stets Maskierte hat eigene Pläne: er ist auf Vergeltung aus. Er plant, "Das Individuum", den Chef des Geheimbundes "Duplex Ride", zu ermorden, weil dieser ein Mädchen getötet hat, das Preest einst liebte.
Schließlich kreuzen sich die Wege der vier Protagonisten...
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