"Der Goldene Kompass" spielt in einer Parallelwelt, in der jeder Mensch von einem tierischen Dæmon beschützt wird. Die zwölfjährige Lyra Belacqua (Dakota Blue Richards) hat auch einen Dæmon. Er heißt Pantalaimon, und beide wohnen im Jordan College in Oxford. Dort rettet das Mädchen ihrem Onkel, Lord Asriel (Daniel Craig), das Leben, der vom Magisterium (der allgegenwärtigen Verwaltungsmacht) vergiftet werden soll. Der eigenwillige Forscher interessiert sich hingegen zu sehr für das Phänomen des kosmischen Staubes, das er am Polarkreis erkunden will. Dies soll die Verbindung zu Parallelwelten öffnen.
Dass Lyra etwas Besonderes ist, weiß auch Mrs. Coulter (Nicole Kidman). Die weltbekannte Wissenschaftlerin nimmt sie mit auf eine Forschungsreise, doch Lyras Begeisterung für ihre neue Mentorin legt sich bald, als sie zu spüren bekommt, wie Mrs. Coulter wirklich denkt. In Wahrheit ist sie hinter dem Alethiometer her, ein goldener Kompass, der dem Mythos nach immer die Wahrheit sagt – allerdings nur der auserwählten Besitzerin: Lyra. Doch die ist in Aufruhr. Nicht nur, weil sie eine Welle von Kindesentführungen beunruhigt, sondern vor allem, weil auch ihr bester Freund Roger (Ben Walker) verschwunden ist. Gerüchten zufolge sollen die bösen "Gobbler" die Kinder im hohen Norden zu Experimenten missbrauchen…
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