Die MIB, die Agenten einer Geheimbehörde, behalten die zumeist harmlosen außerirdischen Besucher auf der Erde unter Beobachtung und beschützen die Menschheit vor dem Abschaum aus dem All. Nach einem ihrer Einsätze, merkt MIB-Agent D (Richard Hamilton), dass er langsam zu alt für die nervenaufreibende Arbeit wird, so dass sich sein Partner Agent K (Tommy Lee Jones) sich auf die Suche nach einem neuen Kollegen machen muss. Etwa zeitgleich hetzt Polizist James Edwards (Will Smith) einem Mann quer durch Manhattan hinterher, freilich ohne zu ahnen, dass es sich um kein menschliches Wesen handelt. Allerdings wundert es ihn, dass der Verfolgte auf einmal wie ein Insekt die Hauswand des Guggenheim-Museums hinaufläuft. Trotzdem bleibt der unnachgiebige Polizist ihm auf den Fersen, kann allerdings nicht mehr verhindern, dass sich der Flüchtige vom Dach stürzt, um der Justiz zu entkommen. Nachdem K von der Verfolgungsjagd erfahren hat, beordert er den vorlauten Cop Edwards zum Auswahltest für die MIB. Dieser erweist sich dann auch als Bester unter den angetretenen Besten, legt seine Identität ab und tritt als Agent J in den Dienst bei Abteilung 6 der Einwanderungsbehörde ein. Der erste große Einsatz für den neuen Partner von Agent K naht aber bereits in Form einer riesigen Schabe, die sich kurzerhand den Körper des ungehobelten Farmers Edgar (Vincent D’Onofrio) überstülpt und sich in New York auf die Suche nach der „Galaxie“ begibt, einem wertvollen und mächtigen Kleinod, das ein Mitglied der Herrscherfamilie der Aquilianer bei sich tragen soll.
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