Auf ihrem Heimatplaneten stoßen die vier Kinder Wim (Ravi Cabot-Conyers), Fern (Ryan Kiera Armstrong), KB (Kyriana Kratter) und Neel (Robert Timothy Smith) auf ein abgestürztes altes Raumschiff. Als sie das vermeintliche Wrack erkunden, hebt es plötzlich mit ihnen an Bord ab, woraufhin sie sich wenig später in einem ihnen unbekannten Teil der Galaxis wiederfinden. Nachdem sie ins Visier von Weltraumpiraten geraten, begegnen sie dem geheimnisvollen Jod Na Nawood (Jude Law). Er rettet sie aus der misslichen Lage, doch sein Verhalten bleibt rätselhaft. Meint er es wirklich nur gut oder verfolgt er eigene Pläne? Wim und ihre Freunde haben nur ein Ziel: Unversehrt nach Hause zu gelangen. Währenddessen schmiedet Wims Vater Wendle (Tunde Adebimpe) eigene Pläne, um seine Tochter zu retten.
Skeleton Crew spielt nach „Die Rückkehr der Jedi-Ritter“ (1983) und ist in derselben Zeitlinie wie „The Mandalorian“ und „Das Buch von Boba Fett“ angesiedelt.