FBI-Agent Fox Mulder (David Duchovny) glaubt an paranormale Phänomene und Außerirdische. Letztere werden nach seiner Vorstellung nicht nur von der Regierung versteckt, sondern haben einst auch seine Schwester entführt. Mulders Kollegen belächeln ihn deswegen als Verschwörungstheoretiker. Demnach ist die völlig rational eingestellte Dana Scully (Gillian Anderson) wenig begeistert, als sie von ihren Vorgesetzten angewiesen wird, Mulder bei der Arbeit an den so genannten „X-Akten“ – ungelösten Fällen mit vermeintlich übernatürlichen Hintergründen – über die Schulter zu schauen. Während die beiden in der Folge mit mehr und mehr mysteriösen Vorkommnissen konfrontiert werden, kommen sie allmählich tatsächlich einer groß angelegten Verschwörung auf die Spur, die bis in die höchsten Kreise des FBI und der Regierung reicht.