FBI-Agentin Monica Bannan (Xantha Radley) wurde entführt, möglicherweise sogar getötet. Ihre Kollegin Dakota Whitney (Amanda Peet) stößt bei den Ermittlungen auf Probleme. Pater Joseph Crissman (Billy Connolly), dem ein Ruf als Pädophiler anhaftet, bietet eine heiße Spur, spricht aber von geheimnisvollen Visionen - die Bundesbehörden werden misstrauisch. Obwohl ihr Partner Mosley Drummy (Alvin „Xzibit“ Joiner) dagegen ist, greift Whitney zu einem letzten Strohhalm und versucht über Ex-Agentin Dana Scully (Gillian Anderson), mittlerweile in einem Krankenhaus beschäftigt, Fox Mulder (David Duchovny) zu erreichen. Der Spezialist für Übersinnliches ist sechs Jahre nach seinem unglücklichen Ausscheiden beim FBI untergetaucht. Er zögert kurz, willigt schließlich aber ein und gewinnt schnell das Vertrauen von Pater Crissman. Dann verschwindet eine zweite Frau (Nicki Aycox)...
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