35.000 Jahre vor Christus folgen zwei vorzeitliche Menschen einem ungewöhnlichen Wesen im Gebiet des heutigen Texas in eine Höhle. Dort werden sie von der Kreatur angegriffen. Einer von ihnen stirbt, doch der andere kann es töten, wird kurz darauf aber von einer schwarzen Flüssigkeit aus dem Körper des Wesens infiziert. Zur heutigen Zeit stürzt ein Junge namens Stevie (Lucas Black) an derselben Stelle in eine Höhle und wird von der gleichen Flüssigkeit befallen und später von wissenschaftlichen Teams geborgen, die den Vorfall als einfachen Virenbefall herunterspielen. Eine Woche später geht in einem Regierungsgebäude des FBI eine Bombe hoch, bei dem die Leichen von drei Feuerwehrmännern und eines kleinen Jungen gefunden werden. Fox Mulder (David Duchovny) und Dana Scully (Gillian Anderson) werden der Mitschuld bezichtigt und machen sich auf eigene Faust an die Ermittlungen.
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