Im 26. Jahrhundert tobt ein erbitterter Krieg zwischen dem United Nations Space Command (UNSC) und der Covenant-Allianz, einem Zusammenschluss theokratischer Alienrassen. An vorderster Front stürzen sich für das UNSC die sogenannten Spartans in den Kampf, eine von der skrupellosen Wissenschaftlerin Dr. Catherine Halsey (Natascha McElhone) genetisch veränderte Truppe von Supersoldaten und -soldatinnen. Besonders deren stoischer Anfüher, der Master Chief John-117 (Pablo Schreiber), ist dafür bekannt, dass er die Befehle seiner Vorgesetzten blind und äußerst effizient befolgt. Doch nach einem Angriff der Covenant auf den Planeten Madrigal ändert sich alles. Nachdem die Spartans kurzen Prozess mit den Feinden gemacht haben, stößt John auf ein mysteriöses Artefakt, das in ihm Erinnerungen an eine Zeit zu Tage fördert, bevor er in eine willenlose Killermaschine verwandelt wurde. John kehrt daraufhin dem UNSC den Rücken und macht sich gemeinsam mit der jungen Kwan Ha (Yerin Ha), einer Überlebenden des Madrigal-Masskers, daran, dem rätselhaften Relikt, seiner Vergangenheit und den wahren Absichten der Covenant auf den Grund zu gehen...
Serienadaption der beliebten „Halo“-Videospiele, in der vor dem Hintergrund des altbekannten interstellaren Konflikts zwischen UNSC und Covenant eine eigene Geschichte erzählt wird.