Die Archäologin Sharon Golban (Olivia Williams) entdeckt in Jerusalem die Leiche eines Gekreuzigten, deren Alter sie auf das erste Jahrhundert vor Christi datiert. Alle Indizien lassen Sharon zu dem Schluss kommen, dass es sich um die Gebeine Jesu Christi handeln könnte. Der Vatikan schickt Pater Matt Guitièrrez (Antonio Banderas), um die Authentizität des Fundes zu prüfen. Schnell finden sich die beiden in großen Problemen wieder. Denn die mögliche Wahrheit birgt große Sprengkraft in sich. Der Vatikan hat kein Interesse daran, dass sterbliche Übereste von Jesus existieren, da der Gottessohn bekanntlich wiederauferstanden ist. Die Palästinenser befürchten, das Israel mit den Fakten etwas in die Hand bekommt, um Druck auf den Vatikan ausüben zu können. So wird die Situation für Golban und Guitièrrez immer gefährlicher, während sie an der Entschlüsselung der historischen Wahrheit arbeiten.
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