Der Berliner Arzt Friedrich Ritter und seine Geliebte Dore Strauch wandern auf der Flucht vor den Restriktionen der westlichen Gesellschaft in den 1930er Jahren auf die Galapagosinseln aus. Nachdem die deutsche Presse von der Geschichte erfährt und darüber berichtet, ziehen mehrere Nachahmer auf die Insel, die damals noch fast unberührte Natur war. Friedrich Ritter und Dore Strauch sehen sich plötzlich mit der Schweizer Familie Robinson und einer schießwütigen Wienerin konfrontiert, mehrere schwierige Persönlichkeiten prallen aufeinander. Plötzlich verschwinden einige Inselbewohner – ein Mordverdacht kommt auf. Dabei gehen die Aussagen der Inselbewohner drastisch auseinander und bis heute ist nicht geklärt, was damals tatsächlich passierte.
Die Dokumentarfilmer Dayna Goldfine und Dan Geller greifen bei "The Galapagos Affair" auf Heimvideos der Pioniere zurück und ergänzen sie mit den Erinnerungen der noch lebenden Beteiligten.