Die Menschheit hat ein Problem, weil die bösartigen Zylonen darauf aus sind, einen Vernichtungsfeldzug gegen sie zu führen. Der Schlag der Zylonen unter Führung Brother Cavils (Dean Stockwell) ist relativ erfolgreich, führt aber nicht zu dem gewünschten Ergebnis. Die militärische Aktion sollte die Menschen vollständig vernichten. Stattdessen macht sich eine Fluchtflotte auf den Weg zur Erde, dem vormaligen Wohnort der menschlichen Vorväter. Die Zylonen wollen ihr Werk beenden, indem sie mithilfe eingeschleuster Agenten den Weltraumtrip der Menschen so sabotieren, dass diese untergehen. Das Vorhaben erweist sich allerdings als schwierige Mission, weil einige der Agenten, darunter Doktor Simon (Rick Worthy), Leoben Conoy (Callum Keith Rennie) und Lt. Sharon 'Boomer' Valerii (Grace Park) nicht mit den Menschen brechen wollen. Jetzt muss Cavil sich etwas anderes einfallen lassen, um sein schändliches Werk vollenden zu können.
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