Spannende Erlebnisse warten auf die vier Pizza-liebenden Helden Leo (Stimme im Original: Nicolas Cantu), Raph (Brady Noon), Donnie (Micah Abbey) und Mikey (Shamon Brown Jr.). Aus den Abwasserkanälen heraus machen sie sich auf, die finsteren Gestalten in den Straßen von New York City zu bekämpfen. Neben den gefährlichen Bedrohungen, die in den Schatten des Big Apple lauern, stellt auch das turbulente Teenagerleben die vier Brüder immer wieder vor neue Herausforderungen. Und so begegnen die Turtles nicht nur alten Feinden, sondern auch neuen Freunden. Rod (Pete Davidson), ein reicher und fauler Junge, ist so fasziniert von den Mutanten, dass er bereit ist, alles zu tun, um selbst einer von ihnen zu werden. Gleichzeitig stellt sich Bishop (Alanna Ubach), eine brillante Erfinderin, den Turtles in den Weg. Sie ist überzeugt davon, dass Mutanten eine enorme Bedrohung für die Menschheit darstellen und glaubt, dass alle – einschließlich der Turtles – ausgelöscht werden müssen. Nun müssen sich die Turtles nicht nur gegen Schurken, sondern auch gegen die Herausforderungen des Erwachsenwerdens behaupten.