Hedwig (John Cameron Mitchell), geboren als Junge namens Hansel (Ben Mayer-Goodman) in Ostberlin, verliebt sich Hals über Kopf in einen amerikanischen G.I (Maurice Dean Wint). Schließlich entscheidet sie sich, sich einer Geschlechtsumwandlung zu unterziehen und den ausländischen Soldaten zu heiraten. Doch wie so oft im Leben kommt vieles anders als gedacht. Die Operation, die Hansel, beziehungsweise Hedwig ihren Traum erfüllen soll verunglückt und lässt Hedwig mit einem winzigen Geschlechtsorgan zurück. Jahre später ist Hedwig Leadsängerin einer Rockband und tourt durch kleine Läden in den USA. Ihre Tour-Daten schneiden sich mit denen des Rockstars Tommy Gnosis (Michael Pitt), der sich einst in die junge Hedwig verliebt hatte, dann jedoch ihre Song-Ideen stahl und davon ging und Karriere machte.
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