Im Jahr 7698 steht die Menschheit nicht mehr vor dem Abgrund, sie ist schon in ihn gestürtzt. Nach einer schrecklichen Naturkatastrophe sind nur noch zwei Städte im ehemaligen Osteuropa übrig, in denen die Menschen überleben können. Beide Metropolen sind verfeindet, denn während die eine eine Stadt einen anarchistischen Gesellschaftsentwurf verfolgt, wird die andere von einem mächtigen Polizeiapparat kontrolliert, der dem skrupellosen Trevor Goodchild untersteht. Die Spionin und Killerin Aeon Flux ist Teil einer Widerstandsgruppe, die sich gegen die Unterdrückung des Regimes wehrt und einen Guerrillakrieg gegen dessen Truppen führt.