Lucy mag unschuldig aussehen, birgt jedoch ein dunkless Geheimnis. Denn sie ist ein Diclonius – eine Mutantin mit telekinetischen Fähigkeiten, die auf Anordnung der Regierung in ein Labor gesperrt wurde, um Experimente an ihr durchzuführen. Doch dann gelingt Lucy die Flucht, bei der sie jeden tötet, der sich ihr in den Weg stellt. Schwer verletzt und ohne jegliche Erinnerungen wird sie schließlich von den nichts ahnenden Kouta und Yuka gefunden, die Lucy bei sich aufnehmen und schließlich Nyu taufen – nach dem einzigen Laut, den das verstörte Mädchen von sich gibt. Als dann jedoch eine Spezialeinheit ihre Fährte aufnimmt, erwacht erneut die Bestie in ihr…