Star Wars: Clone Wars schließt direkt an "Star Wars: Episode II - Angriff der Klonkrieger" an. Der Bürgerkrieg zwischen der Republik und der separatistischen Bewegung, die von Darth Sidious angeführt wird, ist in vollem Gange. Bekannte und neue Gesichter werden in Mittelpunkt der Handlung gerückt und bereiten den Weg für die Ereignisse in "Star Wars: Episode III - Die Rache der Sith.
Nicht zu verwechseln mit der gleichnamigen animierten Serie aus dem Jahr 2008.