Im Jahr 2118 steht die Menschheit kurz vor dem Untergang – 99,9 % der Bevölkerung wurden von der außerirdischen Macht Draktor ausgelöscht. Die Überlebenden verschanzen sich in Bunkern unter der Erde und da ihre Erinnerungen an die Invasion gelöscht wurden, führen sie ein scheinbar normales Leben. Doch es gibt unter Ihnen einige Privilegierte, die auserkoren wurden die Erde zurückzuerobern. Einer von ihnen ist Yamato Ichidaiji (Stimme im Original: Toshiki Masuda), der in einem letzten verzweifelten Kampf sein Leben riskiert. Seine Waffe: ein gigantischer Rogue-Kampfroboter der Megatonnen-Klasse.