Susanne Lothar wurde 1960 in Hamburg als Tochter der Schauspieler Ingrid Andree ("Bekenntnisse des Hochstaplers Felix Krull") und Hans Lothar ("Polizeirevier Davidswache") geboren. Früh entschied sich Lothar in die Fußstapfen ihrer Eltern zu treten, studierte Schauspiel an der Hochschule für Musik und Theater in Hamburg und erhielt bereits während des Studiums einen Vertrag am renommierten Thalia Theater. Dort spielte sie auch die Titelrolle in "Lulu" unter Peter Zadek, die ihr deutschlandweite Anerkennung brachte.
Im Film wurde sie vor allem durch ihre Rollen in den Filmen von Michael Haneke ("Liebe") bekannt, mit dem sie vier Projekte realisierte. Als leidende Mutter in "Funny Games" spielte sie an der Seite ihres Ehemanns Ulrich Mühe ("Das Leben der Anderen"), der bereits vor fünf Jahren verstarb. 2009 war sie das letzte Mal in "Das Weiße Band" in einem Haneke-Film zu sehen, als gequälte Haushälterin.
Lothar wurde zu Lebzeiten unter anderem 1981 mit dem Boy-Gobert-Preis als Beste Nachwuchsdarstellerin, 1983 mit dem Bundesfilmpreis und 1993 mit dem Goldenen Gong ausgezeichnet. Ihr letzter Film war Hanna Dooses "Staub auf unseren Herzen", der noch dieses Jahr den Förderpreis für Regie auf dem 30. Filmfest München erhielt. Susanne Lothar hinterlässt zwei Kinder, die Umstände ihres Todes sind nicht bekannt.