Spanien, 1792. Inés (Natalie Portman), die junge Muse des berühmten Hofmalers Francisco de Goya (Stellan Skarsgård), wird durch eine falsche Aussage von dessen Bruder, dem finsteren Mönch Lorenzo (Javier Bardem), vor das Tribunal der Inquisition gezerrt und der Ketzerei beschuldigt. Dank Goyas Fürsprache wird zwar die drohende die Todesstrafe ab, doch im Kerker erwartet Inés Folter und Erniedrigung. Lorenzo nutzt die missliche Lage der jungen Frau aus und vergewaltigt sie mehrfach. Doch das Komplott fliegt auf, er gerät selber in Ungnade und muss fliehen. 16 Jahre später – Napoléons Streitkräfte sind inzwischen in Spanien einmarschiert – kommt Inés schließlich aus dem Kerker frei und muss feststellen, dass ihre Familie während der Besatzung ums Leben gekommen ist. Lorenzo ist inzwischen ein Anhänger der durch die Französische Revolution angestrebten Ideale geworden und kehrt nun zurück, um Inés erneut zu demütigen.
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