Vier kleine Schildkröten geraten in der Kanalisation von New York mit der geheimnisvollen Substanz Ooze in Berührung. Aus den Tieren wachsen daraufhin humanoide Mutanten heran, die durch ihren Meister Splinter, eine ebenfalls mutierte Ratte, in die Geheimnisse des Karate eingeführt werden. Seitdem kämpfen die vier Turtles für Gerechtigkeit auf den Straßen des Big Apples und leben und verstecken sich in der Kanalisation der Millionenmetropole. Eines Tages kommt ihnen durch Zufall die Reporterin April O´Neil (Judith Hoag) auf die Spur und die Gruppe freundet sich mit der Frau an. Sie ist gerade einer Gruppe von maskierten Ninjas auf der Spur, die durch ihre kriminellen Machenschaften ganz New York in Atem halten. Angeführt wird die geheimnisvolle Ninja-Vereinigung von dem skrupellosen Shredder (James Saito). Doch nur die Turtles sind in der Lage, die Bedrohung aufzuhalten und so wieder Frieden auf den Straßen des Big Apples zu bringen, und natürlich in die Kanalisation...
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