Einst ließ eine grell-grün leuchtende Substanz vier Schildkröten zu menschenähnlichen Kampfmaschinen mutieren. Unter der Leitung ihres Meisters, der Ratte Splinter (Kevin Clash), haben sich Leonardo (Mark Caso), Michelangelo (Michelan Sisti), Donatello (Leif Tilden) und Raphael (Kenn Scott) dem Kampf gegen das Böse verschrieben. Doch das Geheimnis um ihre Vergangenheit beschäftigt die Ninja-Kröten nach wie vor. Als ihre Freundin, die Reporterin April O'Neil (Paige Turco), von den üblen Machenschaften eines Chemiekonzerns berichtet, wird den jungen Turtles klar, dass es dieser Ooze war, der sie mutieren ließ. Doch zu dieser Schlussfolgerung kommt auch der Erzfeind der Kröten, Shredder (François Chau), der seine Chance da sieht, sich selbst Mutanten-Handlanger zu schaffen - und so Rache an den Turtles zu nehmen...
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