Auf der Insel Hachijō vor der Küste der Präfektur Tokio kommen Ingenieure aus aller Welt zusammen, um die Einführung der sogenannten Pacific Buoy vorzubereiten. Diese Boje soll Überwachungskameras von Polizeibehörden weltweit vernetzen und eine fortschrittliche Gesichtserkennungssoftware testen. Währenddessen lädt Sonoko ihre Freunde ein, Wale auf Hachijō zu beobachten. Conan (Stimme im Original: Minami Takayama) erfährt jedoch von einem Mord an einem Europol-Mitarbeiter durch Gin (Yukitoshi Hori), ein Mitglied der Schwarzen Organisation, der auch mit der Pacific Buoy in Verbindung steht. Er schleicht sich auf ein Polizeischiff und dringt in die Einrichtung ein. Während die Vorbereitungen für die volle Aktivierung laufen, wird eine Ingenieurin von der Schwarzen Organisation entführt. Ein USB-Stick mit brisanten Informationen gelangt in die Hände der Ermittler. Doch das ist nicht alles: Eine weitere Bedrohung aus den Tiefen des Ozeans taucht auf...
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