Der junge Wissenschaftler Milo (Stimme: Michael J. Fox/Stefan Kampwirth) ist davon überzeugt, dass es die geheimnisvolle versunkene Stadt Atlantis gibt. Da die Leiter des Museums, in dem er arbeitet, seine Theorie aber für ein Hirngespinst halten, scheint sich sein Traum zu zerschlagen, Atlantis entdecken zu können. Aber er hat Glück. Als Mitglied einer U-Boot-Mission, die ein reicher Privatmann finanziert hat, taucht er in die Tiefen des Meeres ein, um nach dem sagenumwobenen Atlantis zu suchen. Und tatsächlich: Atlantis existiert und die Bewohner konnten einen Teil der faszinierenden Kultur bewahren! Doch nun steht die Stadt kurz vor dem endgültigen Untergang. Nur die atlantische Prinzessin Kida (Stimme: Cree Summer/Maria Schrader) und Milo sind in der Lage, Atlantis vor diesem schlimmen Schicksal zu bewahren.
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