Drogengeschäfte und tödliche Rivalitäten: Die Kriminalitätsrate in der deutsch-tschechischen Grenzregion wächst, weshalb ein neues Team der Wasserschutzpolizei den Außenposten an der Elbe besetzt. Die gebürtige Dresdnerin Maike Junghans (Carina Wiese) steht als Hauptkommissarin dem neuen Ermittlerteam vor. Zum Team gehören noch Kommissarin Jana Macourek (Barbara Prakopenka) mit familiären Wurzeln in Tschechien und der Hamburger Kommissar Moritz Kretschmär (Ferdi Özten), den es elbabwärts nach Sachsen verschlagen hat. Zu guter Letzt ist da noch der universalbegabte Allrounder Sami Fares (Adnan Maral), dessen Familie einst aus dem Libanon floh und der ein ausgewiesener Technikexperte ist.
„WaPo Elbe“ ist ein Spin-off von „WaPo Bodensee“.