Nach der Schlacht der Avengers mit Außerirdischen in New York hat sich die Welt verändert. Die Menschen wissen nicht nur, dass unter ihnen Superhelden und Götter leben, sondern auch, dass es mächtige Bedrohungen gibt, gegen die weitaus mehr nötig ist als die bunt zusammengewürfelte Superheldentruppe. Der totgeglaubte Agent Phil Coulson (Clark Cregg) kehrt zur Geheimorganisation S.H.I.E.L.D. (Strategic Homeland Intervention, Enforcement and Logistics Division) zurück und stellt eine Elite-Einheit zusammen, die noch ungeklärte, mysteriöse Fälle aufklären sowie mögliche Bedrohungen abwenden soll. Dabei bekommen es die S.H.I.E.L.D.-Agenten mit allerlei irdischen und übernatürlichen Widersachern zu tun – und sehen sich bald auch mit einer großen Verschwörung in den eigenen Reihen konfrontiert...