Peter Parker (Stimme im Original: Drake Bell) ist Spider-Man, der von der Öffentlichkeit geliebt und von Zeitungsredakteur J. Jonah Jameson (J.K. Simmons) regelmäßig verleumdet wird. Um den jungen Helden in seiner Kampftechnik zu schulen, nimmt ihn S.H.I.E.L.D.-Direktor Nick Fury (Chi McBride) unter seine Fittiche und steckt ihn in ein Nachwuchsteam von Superhelden, zu denen auch White Tiger, Power Man, Iron Fist und Nova gehören. Doch damit nicht genug, auf Furys Anweisung hin gehen die Team-Kollegen auch noch auf Peters Schule. Derweil versucht der Industrielle Norman Osborn (Steven Weber), Vater von Peters Freund Harry, mithilfe der Gen-Kombination Spider-Mans eine Armee von Supersoldaten zu erschaffen. Doch ohne den Wandkletterer in seine Gewalt zu bekommen, gestaltet sich das als schwierig...