Timothy Brisby verlässt seine Familie, um mit den Ratten von NIMH im Thorn Valley zu trainieren. Er lernt Jenny kennen, eine Maus, die ungefähr so alt ist wie er. Timmy vermutet, dass sein vermisster Bruder im NIMH festgehalten wird und startet mit Jenny eine Rettungsmission, während er alte und neue Freunde auf dem Weg trifft.
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