In der kleinen Stadt Townsville sucht und sammelt der frustrierte Professor Utonium alle Zutaten, die nötig sind, um das perfekte, kleine Mädchen herzustellen. Aber als dann sein Labor-Assistent, ein Affe namens Jojo, aus Versehen die den chemischen Stoff X zu der Mixtur gibt, entsteht anstatt nur eines einzigen Mädchens, ganze drei. Er gibt ihnen die Namen Blossom, Bubbles und Buttercup und schon bald stellt sich heraus, dass die Mädchen keinesfalls normal sind, sondern übernatürliche Fähigkeiten besitzen, die sie aber unglücklicherweise noch nicht vollkommen kontrollieren können. Dies führt dazu, dass sie von den Bewohnern von Townsville eher als Ausgestoßene behandelt werden, da sie durch die Nicht-Kontrolle ihrer Kräfte schon großen Schaden in der Stadt angerichtet haben. Es ergibt sich aber die Chance, das Vertrauen der Menschen wiederzugewinnen, als Jojo mit einer Armee von Super-Affen versucht, die Herrschaft über Townsville zu erlangen…
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