Bologna, 1858: Inquisitoren dringen nachts in das Haus des jüdischen Kaufmanns Momolo Mortara und entreißen ihm seinen sechs Jahre alten Sohn Edgardo. Ein Angestellter der Mortaras hat den Jungen heimlich katholisch taufen lassen. Laut der päpstlichen Gesetze hat die Kirche damit das Recht, den Jungen nach ihren Regeln in einem Kloster aufzuziehen und daher seinen andersgläubigen Eltern wegzunehmen. Doch Vater Mortara bekämpft die Entführung seines Sohnes. Die Wegnahme des Jungen wird schließlich zu einem entscheidenden Ereignis auf dem Weg zum Verlust der weltlichen Macht des Vatikans…