Ein verregneter Sonntag: Sophie und ihr Kuschelhase Felix (Stimme: Patrick Flecken) wissen nicht so recht, was sie mit sich anfangen sollen, da beschließt Sophies Vater mit der ganzen Familie einen spannenden Ausflug ins Museum zu machen. Neugierig begibt sich Felix auf die Suche nach außergewöhnlichen Ausstellungsstücken und stößt dabei auf die virtuelle Zeitmaschine des kauzigen Professor Snork (Stimme: Hans Werner Olm), in der man projizierte Bilder aus den verschiedensten Epochen bewundern kann. Doch irgendetwas geht schief. Zunächst sitzen auf einmal zwei eigentlich ausgestopfte Museumsstücke, das Baby-Mammut Wolli (Stimme: Domenic Redl, Findet Nemo) und die gemütliche Schildkröte Gertrude (Stimme: Sunnyi Melles), lebendig neben Felix in der Zeitmaschine. Und dann wird das Trio durch einen Kurzschluss auch noch unkontrolliert in die Vergangenheit geschleudert.
Felix´ Versuche, rechtzeitig den Knopf zum Ausschalten zu finden, scheitern. So landen Felix, Wolli und Gertrude stattdessen in der Steinzeit. Wolli freut sich, weil er endlich wieder zu Hause ist und Felix erfindet kurz das Feuer und vertreibt damit sogar gefährliche Säbelzahntiger, aber Gertude ist es in all dem Eis und Schnee viel zu kalt, sie will unbedingt weiter. Unterdessen versuchen Sophie und Professor Snork, das technische Problem im Museum zu lösen, aber außer Sichtkontakt zu den Verschollenen, können sie zunächst nichts erreichen. Während sie es weiter versuchen, stranden die Zeitreisenden im alten Ägypten, wo sie der hochnäsigen Herrscherin Nofretete (Stimme: Barbara Rudnik) und ihrer freundlichen Dienerin Olabisi (Stimme: Christiane Paul) begegnen. Bevor die Zeitmaschine endlich repariert ist, muss Felix aber noch Abenteuer bei den Wikingern und den Indianern überstehen und sogar an einem Rittertunier im Mittelalter teilnehmen…
Mit über 1,2 Millionen Besuchern allein in Deutschland konnten die Macher des erste „Felix“-Kinoabenteuers Felix - Ein Hase auf Weltreise einen solch riesigen Erfolg verbuchen, dass der zweite Teil nicht einmal mehr eine Frage der Zeit war. Nur wenige Monate brauchte es, bis auch „Felix - Der Hase und die verflixte Zeitmaschine“ vollendet wurde. Wieder ist Felix’ Reisebericht kindgerecht in Fünf-Minuten-Häppchen zerteilt, aber wo Felix noch vor einem Jahr mit Hilfe eines grünen Kobolds eine Irrfahrt durch das Best-Of der 68er-Bewegung, inklusive Yetis, unsichtbaren Elfen und Kapitän Nemo, unternahm, dient nun der Betriebsunfall einer Zeitmaschine als Aufhänger für die zahlreichen Abenteuerchen. So ist „Felix 2“ noch lehrreicher und vor allem weniger wirr als sein Vorgänger. Aber was den Film für Kleinkinder noch besser geeignet macht, sprich vorhersehbare Spannungsbögen und sich stetig wiederholende Dramaturgien, bedeutet für alle über zehn auch ein Tick mehr Langeweile.