Es war schön, mal die freie Wildbahn kennenzulernen, aber irgendwann reicht's dann auch. Also beschließen die vom Heimweh geplagten Zootiere - Löwe Alex (deutsche Stimme: Jan Josef Liefers), Zebra Marty (Rick Kavanian), Giraffe Melman (Bastian Pastewka) und Nilpferd Gloria (Claudia Urbschat-Mingues) - sich von Madagaskar wieder auf den Weg nach Hause zu machen. Die pfiffige Pinguin-Truppe (Die Fantastischen Vier) schafft es, ein altes Flugzeugwrack zum Laufen zu bringen, doch leider ist die Zuverlässigkeit von Air Pinguin nicht die beste. Mit dem Lemurenkönig Julien (Stefan Gossler) und seinem Privatsekretär Maurice (Roland Hemmo) an Bord legt die Reisegruppe mitten in der Steppe Afrikas eine Bruchlandung hin. Und wie es der Zufall will, stranden die Zootiere im Reservat von Löwenkönig Zuba (Engelbert von Nordhausen), der seinen im Kindesalter verschollenen Sohn Alex für tot hielt. Umso größer ist die Überraschung, als dieser sich als lebendig erweist. Konkurrent Makunga (Klaus-Dieter Klebsch) aber sieht seine Chance gekommen, sich an Zubas Stelle zu setzen. Er beginnt eine Intrige, in deren Mittelpunkt der unbedarfte Alex steht...
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