Sydney wird noch immer in Taipeh gefangen gehalten, wo sie auf ihre tot geglaubte Mutter Laura Bristow alias Irina Derevko trifft. Als sie sich weigert, ihren Auftraggeber zu nennen, zögert Laura nicht und schießt ihrer Tochter in die Schulter. Zwar kann sich Sydney kurz darauf befreien, schwebt aber noch immer in Gefahr: Dixon hat Sloane berichtet, er halte sie für eine Doppelagentin, weil sie einen fremden Codenamen benutzt hat und in ein SD-6-Labor eingebrochen ist ...
S02E02 - Erpressung
Sydneys neuester Auftrag führt die Agentin nach Rabat, wo sie eine CD-Rom aus dem Safe von Mohamed Naj stehlen und diese anschließend dem Undercover-Agenten Richard Schmidt aushändigen soll. Das Speichermedium enthält Informationen, die Irina Derevko dazu nutzte, einflussreiche Leute zu erpressen. Trotz größter Bemühungen hat Sydney Probleme, die ihr gestellte Aufgabe auszuführen: Als sie den Safe öffnet, wird ein Alarm ausgelöst, und Dixon taucht auf ...
S02E03 - Musik aus dem Eis
m Auftrag von Mr. Sark soll eine Terahertz-Kamera mit einem Satelliten in eine Umlaufbahn geschickt werden, um etwas Bestimmtes unter der Erdoberfläche zu suchen. Von ihrer Mutter erfährt Sydney, dass es sich um eine von Rambaldi entworfene Spieldose handelt, deren Melodie eine verschlüsselte Gleichung für Nullpunktenergie enthält. Als die Kamera ins All geschossen wird und erste Bilder auf die Erde sendet, wird klar, dass sich der gesuchte Gegenstand in Sibirien befindet ...
S02E04 - Bewährungsproben
Während es Sydney mit Dixons Hilfe endlich gelingt, sich aus dem sibirischen Eis zu befreien, schickt Sloane ein Team los, das Sark und die Spieldose von Rambaldi finden soll. Bei der Aktion stoßen die Agenten auf Claus Richter, den Mann, der "Die Bibel", das Operationshandbuch von Irina Derevkos Organisation, versteckt hat. Den Plan zum Versteck hat Richter in der Moskauer Militärbücherei deponiert. Im Auftrag des SD-6 macht sich Sydney auf den Weg in die russische Hauptstadt...
S02E05 - Projekt Weihnachten
Der SD-6 hat erfahren, dass die Triade 'Waffen der nächsten Generation' entwickelt hat und schickt Sydney nach Budapest, um dort Informationen zu sammeln. Dabei stößt sie auf ein Versuchslabor, in dem Kinder mit verbundenen Augen Waffen zusammensetzen. Alle haben ein Spezialtraining des ehemaligen KGB-Psychologen Kholokov absolviert. Als Sydney plötzlich ein Puzzle entdeckt und instinktiv zusammensetzt, keimt ein unangenehmer Verdacht in ihr auf ...
S02E06 - Virus
Sydney und Jack haben die Information erhalten, dass Sark möglicherweise dabei ist, eine Biowaffe zu entwickeln. Er soll drei Männer mit dem selben Virus infiziert haben, von dem bereits sein ehemaliger Gefangener Claus Richter befallen war. Aus diesem Grund reist Jack gemeinsam mit Sydney zu einer Klinik in Genf, in der die Infizierten untergebracht wurden. Ihr Auftrag lautet, in dem Krankenhaus die Forschungsergebnisse zu dem Virus zu entwenden und weiterzuleiten ...
S02E07 - Kollaborationen
Vaughn hat sich mit einem tödlichen Virus infiziert und benötigt dringend ein Gegenmittel. Nachdem Sydney davon erfährt, begibt sie sich nach Estland, denn nur hier kann das Serum erzeugt werden. Als sie sich Zutritt zum Labor verschafft, löst sie den Alarm aus - und gerät in die Hände von Sark. Er will Sydney nur dann mit dem Gegenmittel freilassen, wenn sie ihm Sloane ausliefert. Für Sydney beginnt ein Rennen gegen die Zeit, denn Vaughn hat nur noch ganze drei Tage zu leben ...
S02E08 - Hafturlaub, Teil 1
Sydney und Dixon erhalten den Auftrag, die Kommunikationscodes der usbekischen Bodentruppen zu beschaffen, bevor diese in die Hände tadschikischer Extremisten gelangen. Es stellt sich heraus, dass die Codes eigentlich Steuerungscodes für mobile Sprengköpfe sind, die von Rebellen im Kaschmir versteckt gehalten werden. Da nur Irina das Versteck kennt, wird sie für diese Mission aus der Haft entlassen und zusammen mit Jack und Sydney in die gefährliche Region geschickt ...
S02E09 - Hafturlaub, Teil 2
Sydney, Jack und Irina ereilt die Nachricht, dass die mobilen Atomsprengköpfe am folgenden Tag aktiviert werden sollen. Als Pakistanis verkleidet, versuchen sie in das Lager der Rebellen, indem die Waffen vermutet werden, zu gelangen. In der Zwischenzeit haben auch die Inder von der atomaren Bedrohung erfahren. In einem Luftangriff wollen sie das Rebellen-Hauptquartier ausschalten. Doch Sydney, Jack und Irina sind bereits vor Ort und haben die Aufgaben verteilt ...
S02E10 - Außendienst
Nach der erfolglosen Operation in Kaschmir glaubt Sloane, Sark sei SD-6 gegenüber nicht loyal und lässt ihn foltern. Doch Sark beteuert seine Loyalität und gibt Sloane zu bedenken, es gebe einen anderen Maulwurf ... Seinen neuesten Auftrag muss Sark mit Sydney ausführen: Die beiden sollen ein Terminal stehlen, das ein NASA-Programm enthält. Sydneys Gegenauftrag für die CIA ist es, die Festplatte des Terminals zu manipulieren, sodass sie sich beim Start selbst zerstört ...
S02E11 - Echelon
Im Auftrag von Gerard Cuvee wird Marshall erpresst, das Echelon-Programm herauszugeben. Zwar hat er dieses bereits an SD-6 geschickt, kann es aber aus seiner Erinnerung abrufen. Anfangs ist Sloane an einer Befreiung Marshalls nicht interessiert, da er glaubt, dieser könne keine sicherheitsrelevanten Daten weitergeben. Doch Sydney und Dixon können Sloane überreden und machen sich auf den Weg nach Mexico City, wohin Marshall verschleppt wurde ...
S02E12 - Davongekommen
Sydney und Dixon werden von Sloane beauftragt, den Prototypen eines Raketensteuerungssystems zu stehlen, der von Karl Schatz für die Triade von Paris nach Berlin gebracht werden soll. Der CIA hingegen verlangt von Sydney, den Prototypen durch eine Kopie zu ersetzen und diese an Sloane auszuhändigen. Alles läuft nach Plan, bis Ariana Kane Sydney in Paris ausfindig macht und Vaughn als CIA-Agenten identifiziert. Sydney muss handeln, sonst wird sie als Doppelagentin entlarvt ...
S02E13 - Phase Eins
Bei einem Treffen mit Kendall erfahren Sydney und Vaughn, dass Sloane seit einer Woche vermisst wird und bei SD-6 durch Anthony Geiger ersetzt wurde. Und es scheint, als hätte Geiger Sloanes geheime Daten auf Server 47 entdeckt. Sydney erhält den Auftrag, die brisanten Daten von dem Server, der sich an Bord einer Boeing 747 befindet, an die CIA zu übertragen. Als Prostituierte verkleidet, schmuggelt sich Sydney an Bord der Maschine ...
S02E14 - Doppelagent
CIA-Agent Lennox verbringt in einem Berliner Hotel romantische Stunden mit seiner Partnerin Emma. Als er unter die Dusche geht, schleicht sich Emma zum Laptop und schreibt: 'Operation abbrechen, Lennox ist ...'. Doch dann wird sie von Lennox, der mit Sloane gemeinsame Sache macht, erwischt. Lennox weiß, dass er enttarnt ist - das Todesurteil für Emma. Mit Sprengstoff bepackt, findet sie sich auf einer Berliner Straße wieder. Per Fernzünder löst Lennox die Explosion aus ...
S02E15 - Freier Agent
Als Sydney mit dem Gedanken spielt, bei der CIA aufzuhören, versucht Kendall sie zu erpressen. Sie könne nie mehr in ein normales Leben zurückkehren, und ihre Mutter würde sie auch nie mehr sehen. Dagegen möchte Irina verhindern, dass Sydney ihretwegen bei der CIA bleibt und erklärt, sie würde dann den Kontakt zu ihr abbrechen. Doch als bekannt wird, dass Sloane den Mathematiker Caplan entführt und in die Schweiz verschleppt hat, ist Sydney klar, dass sie noch gebraucht wird ...
S02E16 - Höllenfeuer
Caplan hat das Gerät von Rambaldi zusammengebaut, eine Art Neutronenbombe, die über Mikrowellen alles Organische von innen heraus verbrennt. Sark ist begeistert und teilt Sloane mit, dass die Tests mit dem Gerät erfolgreich waren. Dieser reist daraufhin nach Afghanistan, um den Paschtunen-Warlord Kabir für seine Pläne zu gewinnen. Doch der will nur unter einer Bedingung mitmachen: Sloane muss seine Ex-Frau Alia Gizabi ausschalten ...
S02E17 - Kehrtwendung
Drei Männer steigen in einen Aufzug, doch sie kommen nur bis ins 40. Stockwerk - dann stürzt der Aufzug ab und die drei sind tot. Sark entdeckt unter ihnen den russischen Waffenhändler Yuri Karpachev, der laut Irina ein Manuskript von Rambaldi an einen Mann in Bangkok, Ilja Stuka, verkauft haben soll. Irina will Stuka treffen, um so Sloane zu locken. Zusammen mit Jack macht sie sich schließlich auf den Weg nach dem brisanten Dokument.
S02E18 - Bittere Erkenntnis
Als Jack aus Panama zurückkehrt, informiert er Sydney über den Verrat und die Flucht Irina Derevkos. Diese ist unterdessen bereits dabei, mit Sloane und Sark ihre künftige Aktion zu planen: Irina soll für Sloane in Stuttgart eine Gen-Datenbank ausspionieren. Was sie jedoch nicht weiß: Jack hatte ihr insgeheim einen Sender eingesetzt, der Sydney und Vaughn auf ihre Spur lenkt. In Stuttgart kommt es zur blutigen Konfrontation zwischen Sydney und ihrer Mutter ...
S02E19 - Endspiel
Während Sloane in seinem Versteck auf Rache nach dem Mörder seiner Frau sinnt, sucht Sydney nach einer Spur zu ihm und Derevko. Zur gleichen Zeit erhält Neil Caplan von Irina genetische Daten, aus denen er die DNA einer bestimmten Person entschlüsseln soll. Caplan ahnt indes nicht, dass der russische Geheimdienst mit dem Code "Endspiel" gerade seine Tötung angeordnet hat. Um dies zu verhindern, folgt ihm Sydney auf eigene Faust nach Spanien ...
S02E20 - Countdown
Rambaldi hatte in seinen Schriften über das Herz das DNA-Profil eines Mannes namens Proteo Di Regno gezeichnet - laut Marshall ist das der Schlüssel zu den apokalyptischen Voraussagen auf Seite 94 des Rambaldi-Manuskripts. Eine dieser Prognosen soll in 48 Stunden eintreten. Sydney und Dixon erhalten den Auftrag, Di Regno in Panama zu stellen - doch sie kommen zu spät: Di Regno wurde ermordet und sein Herz entfernt. Die heiße Spur führt zu einem Hafen in Kolumbien ...
S02E21 - Zweites Double
Auf Sarks Anweisung werden Wills Daten so manipuliert, dass er als das zweite Double erscheint. Jack fällt auf den Trick herein und lässt Will festnehmen, und auch Dixon ist von Wills Schuld überzeugt - nur Sydney hat ihre Zweifel. Unterdessen hat der CIA herausgefunden, dass Dr. Hans Jürgens die Identität des zweiten Doubles kennen könnte. Im Verhör verrät er Sydney eine heiße Spur: Die DNA-Daten des zweiten Doubles sollen sich auf einer Server-Farm in Marseille befinden ...
S02E22 - Il Dire
Während Marshall von Irina die DNA des zweiten Doubles erhält, wird Will von der CIA aufgespürt - knapp bevor Francie ihn umbringen kann. Will findet heraus, dass die DNA von einer gewissen Allison Georgia Doren stammt, die am Projekt Weihnachten teilgenommen hatte. Indes gelingt es Sloane, das Di Regno-Herz zu rauben und die Maschine Rambaldis, genannt 'Il Dire', zusammenzubauen. Dann erreicht Sydney eine brisante Nachricht von Will: das zweite Double ist Francie ...