Jack lebt im mittelalterlichen Japan. Als Jack noch ein Kind war, wurde das Reich seines Vaters von dem bösen Dämon Aku zerstört. Sein Vater wurde bei diesem Angriff von Aku gefangen genommen. Deshalb herrscht nun Jack über das Land seines Vaters als Kaiser. Doch seine Mutter hat andere Pläne mit ihm und schickt Jack zu verschiedenen Meistern, bei denen er zum Samurai ausgebildet wird. Als Samurai soll er die Herrschaft Akus beenden damit sein Volk endgültig in Freiheit leben kann. Nach erfolgreich abgeschlossener Ausbildung erhält Jack das magische Schwert, mit dem er in die Schlacht mit Aku ziehen soll. Und so macht macht sich Samurai Jack auf dem Weg zum bösen Dämon, um ihn im finalen Kampf zu töten und seinen Vater zu rächen. Doch Jack verliert den Kampf gegen Aku und wird durch ein von ihm geöffnetes Zeitportal in eine ferne Zukunft verbannt, in der Aku der unangefochtene Herrscher der Welt ist. Während Jack quer durch die neue futuristische Welt reist, die inzwischen so technisiert ist, dass Jack zunächst Probleme hat, sich zurechtzufinden, sucht er ein Zeitportal, um in seine Zeit zurückzukehren und Aku erneut herauszufordern. Dabei erlebt er viele Abenteuer, bei denen er sich mit den Schergen Akus herumschlagen muss aber auch viele neue Freunde findet.
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