Die Kamome-Akademie ist eine Schule, welche von sieben übernatürlichen Legenden durchzogen ist. Eine dieser Legenden ist "Hanako-san", ein Geist, der angeblich Wünsche erfüllt und die Damentoilette im dritten Stock des alten Schulgebäudes heimsucht. Die Schülerin Nene Yashiro (Stimme im Original: Akari Kito), die von Liebe und Romantik träumt, beschließt, Hanako-san (Megumi Ogata) zu beschwören, um ihre romantischen Probleme zu lösen. Zu ihrer Überraschung stellt sich heraus, dass Hanako kein Mädchen, sondern ein frecher und geheimnisvoller Geisterjunge ist. Ein unglücklicher Vorfall führt dazu, dass Nene eine unfreiwillige Verbindung zu Hanako eingeht und zu seiner Assistentin wird. Gemeinsam untersuchen Hanako und Nene die restlichen Schullegenden und die übernatürlichen Phänomene, die die Akademie heimsuchen. Nene versucht, die Geheimnisse der Geisterwelt zu verstehen, lüftet sie nach und nach die düstere Vergangenheit von Hanako, einschließlich der tragischen Ereignisse, die ihn zu einem Geist gemacht haben. Dabei wird ihre Loyalität getestet, als sie sich in moralischen Dilemma zwischen Geistern und Menschen wiederfindet.