Wer flieht? Wer kämpft für die Insel? Was hat es mit dem „Mann in Schwarz“ auf sich? Wer wird der Hüter des Lichts? Jack (Matthew Fox), Kate (Evangeline Lilly) und Sawyer (Josh Holloway) sehen sich mit den alles entscheidenden Fragen konfrontiert, die über Leben und Tod bestimmen werden. Was hat die Insel mit den Überlebenden des Oceanic Fluges 815 gemacht? Und wie wäre ihr Leben verlaufen, wenn es nie zum Absturz gekommen wäre? Die offenen Fragen führen die Gruppe um Jack an einen erlösenden Punkt, der die Passagiere miteinander vereinen wird.
Nach der Detonation der Wasserstoffbombe gibt es zwei Zeitlinien: In dem einem Universum ist Fug 815 gelandet und die Passagiere gehen ihre Wege. Im zweiten Universum treffen sich alle Figuren im Jahr 2007 wieder, unmittelbar nach der Ermordung Jacobs durch Ben.
S06E02 - Los Angeles - Teil 2
Die Passagiere von Flug 415 gehen ihre Wege: Jack erfährt, dass die Leiche seines Vaters verschwunden ist und Kate überwältigt den Marshall und flieht. Auf der Insel erreichen die Losties den Tempel, wo angeblich Sayid gerettet werden kann. Doch dort werden sie nicht gerade freundlich empfangen.
S06E03 - Taxi in die Freiheit
Kate entführt ein Taxi, um vom Flughafen in L.A. zu fliehen. In der Insel-Realität versucht "Others"-Anführer Dogen Jack zu überreden, Sayid eine Pille zu verabreichen, ohne Jack zu verraten, was diese enthält.
S06E04 - Der Stellvertreter
In der Parallelwelt wird Locke gefeuert und nimmt einen Job als Aushilfslehrer an. Auf der Insel versucht der "Man in Black", Sayid zu rekrutieren.
S06E05 - Der Leuchtturm
Hurley führt Jack, auf Wunsch von Jakob, zu einem Leuchtturm. Währenddessen verhört Claire einen Gefangenen. In der Parallelwelt verbringt Jack, Zeit mit seinem Sohn.
S06E06 - Bei Sonnenuntergang
Nachdem der "Man in Black" Sayid für seine Sache gewinnen konnte, stellt er den "Anderen" ein Ultimatum. Wer bei Sonnenuntergang den Tempel noch nicht verlassen hat, wird sterben ...
S06E07 - Dr. Linus
Hurley, Jack und Richard machen sich auf den Weg zur Black Rock. Ilana erfährt, dass Ben Jacob getötet hat und zwingt ihn dazu sein eigenes Grab zu schaufeln ..
S06E08 - Kundschafter
Der "Man in Black" schickt Sawyer auf die Hydra-Insel, um herauszufinden, was dort vor sich geht. In der Parallelwelt ist Sawyer immernoch auf der Suche nach dem Betrüger, der den Tod seiner Eltern verursacht hat ...
S06E09 - Seit Anbeginn der Zeit
Im Jahr 1876 gelangt Richard als Sklave auf der Black Rock zur Insel. Dort trifft er auf Jacob, der ihm ein verlockendes Angebot macht ...
S06E10 - Die Fracht
Jin wird von Widmore gefangen genommen und der "Man in Black" geht auf Konfrontationskurs. In der Parallelwelt bekommen Sun und Jin Schwierigkeiten, weil sie es nicht schaffen, ein Geschäft für Suns Vater abzuschließen...
S06E11 - Bin ans Ende ihrer Tage
Auf der Insel wird Desmond von Widmore einer großen Menge elektromagnetischer Strahlung ausgesetzt. In der Parallelwelt beginnt er Visionen von seinem Leben auf der Insel zu haben ...
S06E12 - Alle lieben Hugo
Auf der Insel führt Hurley die anderen Überlebenden zum "Man in Black", um mit ihm zu verhandeln. In der Parallelwelt trifft er in einem Restaurant auf Libby ...
S06E13 - Der letzte Rekrut
Hurley, Jack, Sun und Lapidus sind nun zu Lockes Gruppe gestoßen. Doch Sawyer weit sie in seinen Plan ein, gemeinsam mit Kate zu fliehen, um mit Widmores U-Boot von der Insel zu kommen. Der Plan wird forciert als Widmore zu einem ersten Angriffsschlag ausholt. In der alternativen Realität arbeitet Desmond weiter an seinem Plan. Er bringt Jack und Claire zusammen – währenddessen landen sowohl Sun als auch Locke in einem uns nur zu gut bekannten Krankenhaus…
S06E14 - Der Kandidat
Locke erwacht nach dem Hit 'n' Run von Desmond neben seinem Doktor, Jack, im Krankenhaus. Der eröffnet ihm, er könne ihn unter Umständen, mit Hilfe einer neuartigen Prozedur, von seinem Rollstuhl befreien...In der Parallelwelt fordert der "Man in Black" Jack dazu auf, sich ihm anzuschließen und seine Freunde, die von Widmore gefangen genommen wurden, zu befreien.
S06E15 - Übers Meer
In einer lange vergangenen Zeit wird eine hochschwangere Frau auf der Insel angespült. Sie trifft auf eine andere Frau, die hier schon sehr lange zu leben scheint und ihr hilft, einen Sohn, Jacob, zu gebären. Doch die junge Frau gebärt einen zweiten Sohn, bevor sie von ihrer "Geburtshelferin" ermordet wird. Nach einem Zeitsprung, 13 Jahre nach vorne, wird erzählt, wie Jacob und sein Bruder, der spätere "Men in Black", aufwachsen und zu denen werden, die sie heute sind.
S06E16 - Wofür sie gestorben sind
Noch unter dem Eindruck des herben Verlustes ihre Freunde bei der U-Boot-Explosion wollen Jack, Kate, Sawyer und Hurley den in einem Brunnen zurückgelassenen Desmond finden, da er ihnen helfen soll, "Locke" zu besiegen. Doch plötzlich treffen sie auf Jacob, der mit ihnen eine wichtige Angelegenheit besprechen will. Ben, Richard und Miles wollen derweil Sprengstoff aus Ben altem Bestand organisieren. Dabei treffen sie auf Widmore und seine Partnerin Zoe. Doch auch Rauchmonster "Locke" hat das gleiche Ziel...
S06E17 - Das Ende - Teil 1
Nachdem Jack die Verantwortung von Jakob übernommen hat, macht er sich Kate, Hurley und Sawyer auf zum Herz der Insel. Dorthin ist auch "Locke" mit Desmond im Gepäck unterwegs. Die finale Konfrontation steht bevor. In der alternativen Realität bringt Desmond weiter die ehemaligen Bewohner der Insel auf den richtigen Weg...
S06E18 - Das Ende - Teil 2
Es kommt zum ultimativen Showdown zwischen "Locke" und Jack. Gemeinsam lassen sie Desmond in das Herz der Insel hinab. "Locke" glaubt, damit wird die Insel für immer zerstört, Jack glaubt, dass sich Desmond als Waffe entpuppt die Rauchmonster "Locke" töten wird. Desmond hofft unterdessen so zurück zu seiner Geliebten Penny zu kommen.