Als Keita den geistähnlichen Yo-Kai Whisper aus langer Gefangenschaft befreit, schwört das Wesen, sie vor übernatürlichen Auswirkungen und Gefahren zu schützen. Mit Hilfe einer ganz besonderen Uhr kann Keita nun auch andere Geistwesen sehen. Zusammen mit dem Katzen-Gespenst Jibanyan entdecken die sie zahlreiche von Yo-Kai hervorgerufene Probleme und lösen sie.