Special Agent Dwayne Pride (Scott Bakula) ist Leiter einer Einheit des NCIS New Orleans, einer Zweigstelle des Naval Investigative Service und beschäftigt sich mit Verbrechen, die rund um New Orleans, in der Gegend von Pensacola, Mississippi, Louisiana und bis hin nach Texas Panhandle geschehen. Sein Team besteht aus Special Agent Christopher LaSalle (Lucas Black) und Special Agent Meredith Brody (Zoe McLellan). Letztere wurde gerade erst frisch in den Süden versetzt und muss sich erstmal an das feuchte Klima und die Menschen der Gegend gewöhnen. Unterstützt werden sie von der Gerichtsmedizinerin Dr. Loretta Wade (CCH Pounder) und ihrem Assistenten Sebastian Lund (Rob Kerkovich), der zwar brillant, im zwischenmenschlichen Bereich aber etwas unbeholfen ist. Zusammen ermitteln sie in Fällen, in die Mitglieder der Navy verwickelt sind.