Eigentlich will Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon) in Mexiko seinen Ruhestand genießen. Doch als Ziva David (Cote de Pablo) vom FBI des Mordes verdächtigt wird und sie ihn um Hilfe bittet, dauert es nicht lange, bis er wieder aktiv und seinen Kollegen beim Naval Criminal Investigative Service hilft, die Angelegenheit zu klären. Der neue Leiter seines alten Teams ist inzwischen Tony DiNozzo (Michael Weatherly). Der wird von Direktorin Shepard (Lauren Holly) beauftragt, den Waffenhändler René Benoit (Armand Assante) auszuspionieren, indem er mit dessen Tochter Jeanne (Scottie Thompson) anbandelt. Aus der anfangs aus rein professionellen Gründen begonnenen Beziehung wird bald mehr...
24 Episoden
zuerst ausgestrahlt auf: CBS
Starttermin: 19. September 2006
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Ziva wurde hereingelegt und wird des Mordes an einem iranischen Gefangenen und zwei FBI-Agenten beschuldigt. Dies könnte zu ernsten diplomatischen Verwerfungen zwischen der amerikanischen und der israelischen Regierung führen. Gibbs eilt ihr zu Hilfe.
Ein Bankräuber bricht aus dem Gefängnis aus und droht, Fornells Tochter zu töten, wenn sein Fall nicht neu aufgerollt wird.
Die Soldatin Anne Sullivan wird entführt, die Spur führt zu einer Dating-Veranstaltung. Nebenbei wird auch Gibbs Schnurrbart zu einem wichtigen Gesprächsthema.
Die Ermordung eines Offiziers bringt Gibbs' Team auf die Spur eines russischen Waffenhändlers. Doch dieser steht unter dem Schutz der Heimatschutzbehörde und eine wirkliche Tatbeteiligung kann ihm auch nicht nachgewiesen werden.
Lance Corporal Finn sollte eigentlich in den Irak abkommandiert werden, doch nun wird seine Leiche gefunden. Bei den Ermittlungen stößt das NCIS-Team auf gleich zwei Verlobte des Ermordeten.
Es ist Halloween. Für die Mutter der kleinen Sarah wird der Abend tatsächlich zum Albtraum, als ihre Tochter entführt und ihr Ehemann angeschossen wird. Der Entführer ruft an und verlangt Lösegeld. Ein Wettlauf gegen die Zeit beginnt.
Beim Golfspielen stirbt Colonel Cooper durch einen Bombenanschlag. Gibbs Team arbeitet eng mit der Ermittlerin Hollis Mann zusammen, doch kurz darauf explodiert eine weitere Bombe.
Der ehemalige Marine und Inhaber mehrerer Tapferkeitsmedaillen Brian Wright stürzt aus einem Hotel in die Tiefe und stirbt. Seit einiger Zeit war der Soldat obdachlos und wurde von einem Bekannten in dem Hotel untergebracht. Kurz danach stirbt eine junge Chinesin.
McGees kleine Schwester Sarah taucht bei ihrem Bruder auf und sagt, sie hätte eventuell einen Menschen getötet, könne sich jedoch nicht erinnern. Tatsächlich finden die NCIS-Ermittler am nächsten Tag die Leiche von Sarahs Ex-Freund.
Im Schornstein der Schule des Stützpunktes wird die Leiche des Gebäudeprüfers gefunden. Noch mehr überrascht sind die Ermittler, als sie im Magen des Toten einen Zeh finden. Haben sie etwa einen Serienmörder im Leichenschauhaus liegen?
Eine Navy-Forscherin wird ermordet in einem robotergesteuerten Armeefahrzeug gefunden. Der Verdacht fällt nach Sichtung von Überwachungsvideos auf ihren Freund Jaime Jones, da dieser sie offensichtlich kurz vor ihrem Tod attackiert hat.
Eine aus Kuwait stammende Frau wird getötet, doch die Ermittlungen werden erschwert, weil die örtliche Polizei wichtige Spuren vernichtet hat. In den Fokus geraten irakische Bürger, die in der Stadt wohnen und etwas zu verbergen haben.
Ein Mitglied der Marines ist offensichtlich an einem verbotenen Giftgas gestorben. Bei den Ermittlungen taucht ein alter Bekannter auf: Mamoun Sharif hat sich das Giftgas besorgt und Tausende von Dollarscheinen kontaminiert.
Ein inhaftierter Waffenhändler macht Gibbs Team auf einen ganz besonderen Waffendeal aufmerksam. Offensichtlich soll das Navy-System ARES von einem Händler namens La Grenouille an den Iran verkauft werden.
Petty Officer Davidson wurde mit einem sehr starken Gift getötet. In den Fokus der Ermittlungen von Gibbs Team gerät schnell ein exklusiver Nachtclub.
Ein Nuklearwaffeninspekteur berichtet dem NCIS, dass auf ihn ein Mordanschlag verübt wurde. Der Tod setzt bei dem verwendeten Mittel jedoch nicht sofort ein, sondern hat eine quälend langsame Vergiftung zur Folge.
Auf einem Militärfriedhof kommt es zu einer Explosion. Dabei werden Leichen gefunden, die nicht dort begraben wurden.
In einer Schneewehe wurde ein Körper gefunden. Der Totgeglaubte fängt auf Duckys Tisch plötzlich wieder an zu atmen, verstirbt aber dann doch kurz darauf. Als die Ermittlungen zu einer Firma führen, sterben kurze Zeit später drei weitere Männer.
Zwei Agenten von Paula Cassidys Team werden bei einem Selbstmordattentat getötet. Gibbs bietet seine Hilfe an und entdeckt dabei ein Geheimnis, das auch eines seiner Teammitglieder betrifft.
Die Handlung eines noch nicht beendeten Buches von McGee wird real, als zwei Tote gefunden werden, die den Protagonisten des Romans sehr ähnlich sind.
La Grenouille ist immer noch nicht gefasst. Als Shephard einen Informanten treffen will, der Hinweise zum Aufenthalt des Waffenhändlers machen könnte, wird der Maulwurf getötet.
Scott ist ein ganz besonderer Fotograf, denn er ist blind und sucht seine Motive, indem er Geräuschen und Gerüchen folgt. Doch sein neuester Schnappschuss hat es in sich: Er fotografiert die Leiche eines Soldaten.
Gibbs hat eine neue Stelle als stellvertretender Direktor, doch sie zerrt gehörig an seinen Nerven. Ein neuer Fall könnte dies ändern: Ein Taxifahrer hat einen toten Fahrgast an Bord.
Als in Jennys Wohnung eingebrochen wird, findet sie Fingerabdrücke auf einem Scotchglass. Doch diese stammen von ihrem Vater, der vor zwölf Jahren Suizid begangen hatte.