Nachdem ein Navy-Commander an Bord der Air Force One nach einem Essen mit dem Präsidenten ums Leben gekommen ist, streiten sich der Secret Service, das FBI und der Naval Criminal Investigative Service (NCIS) um die Zuständigkeit für den Fall. So treffen NCIS-Special Agent Leroy Jethro Gibbs (Mark Harmon) und sein Kollege Tony DiNozzo (Michael Weatherly) auf die Secret Service-Agentin Kate Todd (Sasha Alexander) und FBI-Mann Tobias Fornell (Joe Spano). Die Zusammenarbeit der vier endet nicht bei diesem Fall...
Ein Navy-Commander isst mit Präsident Georg Bush auf der Airforce One und stirbt an einer Vergiftung. Es entsteht ein Zuständigkeitsstreit zwischen der Navy CIS, dem Secret Service und dem FBI. Die Ersatzmaschine fliegt dann mit dem CIS Team und einer Secret Service Agentin ab, jedoch war genau das der Plan eines Killers, der als Reporter verkleindet auch an Bord ist. Gibbs kann den Attentäter aber aufhalten und der Präsident erreicht sicher Washington.
S01E02 - Sprung in den Tod
Bei einer Routine Übung stirbt ein Fallschirmspringer. Die Navy CIS ermittelt diesen Fall, bei dem Tony und Gibbs sich sogar trauen selbst zu springen um den Täter zu erwischen.
S01E03 - Seadog
Ein Marine wird getötet, der in Drogengeschäfte verwickelt sein soll. Gibbs findet schnell heraus das "Seadog" eine Kampagne gegen Drogen machte und versucht dann seine Unschuld zu beweisen. Dabei stößt er auf eine Terrorzelle die es auf das Stromnetz abgesehen hat.
S01E04 - Die Unsterblichen
Ein Matrose der ein süchtiger Onlinerollenspieler war, wird tot im Meer aufgefunden. Dieser Mann duellierte sich gerne Online, ob dies auch für die Realität galt.
S01E05 - Der Fluch der Mumie
In einem Frachtbehälter wird eine Leiche gefunden. Dieser Mann galt bis zu diesem Zeitpunkt als Dieb, der sich mit mehr als einer Millionen der US-Navy abgesetzt hat. Gibbs und das Navy CIS Team stoßen auf der Suche nach seinem Mörder auf seine ehemalige Kameradin.
S01E06 - Speed
Ein junger Officer rastet bei einem Landgang total aus. Schnell wird herausgefunden das er unter Drogen stand, obwohl er beteuert nie welche genommen zu haben. Aber als ein zweites Crewmitglied die selben Symptome zeigt wird Gibbs und sein Team mistrauisch.
S01E07 - Unter Wasser
Ein Besatzungsmitglied eines U-Boots wird im Meer tot aufgefunden. Auf Anfragen beim U-Boot hin scheint die Besatzun aber vollständig zu sein. Welcher Unbekannte gibt sich also als Besatzungsmitglied aus und warum?
S01E08 - Schlimmer als der Tod
Ein Dolmetscher aus Guantanamo wird tot aufgefunden. Bei der Obduktion stellt man fest das er Smaragde im Bauch hat und deswegen an inneren Blutungen gestorben sei. Gibbs macht sich auf den Weg nach Kuba um den Fall zu lösen.
S01E09 - Anruf von einem Toten
Bei der Beerdigung ihres Gatten bekommt Sarah einen Anruf von ihm. Um herauszufinden wer hinter diesen Anrufen steckt ermitelt die Navy CIS.
S01E10 - Lebendig begraben
Eine lebendig begrabene, deutsche Frau ann sich selbst befreien und schaltet das Navy CIS ein, da sie eine Bombe auf einem Schiff vermutet. Gibbs jedoch hält sie für eine Terroristin die selbst plant ein Schiff in die Luft zu jagen.
S01E11 - Wintersonne
Ein Commander der Navy CIS wird umgebracht, zuerst fällt der Verdacht auf eine Firma, mit der er ein tragbares Sonargerät entwickelt. Dieses Gerät ist nach dem Mord verschwunden, war es also wirklich einer seiner Kollegen oder vielleicht doch jemand ganz anderes?
S01E12 - Ein Bein in West Virginia
In einer Mülltonne wird ein Bein von einem Marine gefunden. Dieser Mann soll Nachforschungen zu folge schon seit geraumer Zeit tot sein. Zusammen mit Kate versucht Gibbs den Fall aufzuklären.
S01E13 - Todesschüsse
Ein Offizier wird von einem Scharfschützen getötet. Der Mörder hinterlässt aber auch eine Spur: eine weiße Feder liegt bei dem Opfer.
S01E14 - Der gute Samariter
Auf der Straße wird die Leiche eines Soldaten gefunden, der anscheinend versucht hat, bei einem Reifenschaden zu helfen. Ist er das Opfer eines grausamen Mörders geworden?
S01E15 - Der Colonel
Nach einem Überfall auf einen Geldtransporter im Irak ist ein alter Freund von Gibbs verschwunden. Kurz darauf meldet er sich und verlangt ein Treffen mit Gibbs.
S01E16 - Alptraum im Keller
Ein Terrorist schleußt sich in einem Leichensack in das Hauptquatier der Navy CIS ein. Er nimmt zwei Geiseln und verlang die Obduktion eines Freundes.
S01E17 - Fünf Musketiere
Ein junger Mann wird in einem Lagerhaus tot aufgefunden. Gibbs findet eine beachtliche Summe Geld bei ihm zu Hause. Am Abend vor dem Mord war der junge Mann mit seinen Freunden feiern, ob die etwas mit seinem tot zu tun haben?
S01E18 - Falsche Fährten
Ein ehemaliger Navy CIS und verurteilter Verbrecher ist aus dem Gefängniss ausgebrochen. Gibbs glaubt ihm und versucht den richtigen Mörder zu finden.
S01E19 - Wenn Tote sprechen
Ein Agent wir brutal ermordet aufgefunden, der einen alten Fall wieder aufrollen wollte. Damit Gibbs den Fall lösen kann begibt er sich auf die Spur von seinem Arbeitskollegen und begibt sich damit selbst in Gefar.
S01E20 - Willkommen in der Hölle
Ein Seargent verschwindet vorerst spurlos. Das Team um Gibbs findet heraus das er um sein Leben fürchte da in letzter Zeit mehrere Seargents vermisst wurden und danach verhungert aufgfunden wurden. Es gibt nur eine gemeinsamkeit sie haben alle unter einem Major gedient.
S01E21 - Verbotene Waffen
Ein Marine wird mit einer verbotenen Waffe ermordet. Die Spur führt zu einer verdeckten ATF-Operation und einer Gruppe von Milizen.
S01E22 - Abgestürzt
Lieutenant Johnson stürzt während einer Abseilübung ab. Der Karabiner wurde durch ein schwächeres Modell getauscht, wer wollte ihm schaden und warum?
S01E23 - Der Terrorist
Der Geiselnehmer aus Folge 16 kehrt wieder zurück und nimmt erneut Kate als Geisel, doch Gibbs ist ihm schon auf der Spur. Er hat einen Anschlag auf den Präsidenten geplant.