Im Jahr 1638 reist der junge portugiesische Jesuit Sebastião Rodrigues (Andrew Garfield) gemeinsam mit seinem Begleiter Bruder Francisco Garrpe (Adam Driver) nach Japan, um als Priester geheime Missionsarbeit zu leisten.
Der junge Jiro Horikoshi (Stimme: Mirai Shida) beschließt, dass er Flugzeuge bauen möchte. In einem Traum ist ihm der italienische Flugzeugingenieur Caproni begegnete und hat ihm eine seiner Weisheiten nahegebracht: Es ist viel schöner, Flugzeuge zu konstruieren, als sie zu fliegen. Aus diesem Grund beginnt der inzwischen erwachsene Jiro ...
Kaji, ein junger japanischer Intellektuellen hasst den Krieg. Um dem Militärdienst zu entgehen übernimmt er einen Auftrag als Zivilverwalter in der japanisch besetzten Mandschurei, dem Ort der grausamsten japanischen Kriegsgräuel. Kajis Kampf gegen die Unmenschlichkeit in den Arbeitslagern der chinesischen Kriegsgefangenen, denen er als Aufseher ...