Nach der Animations-TV-Serie "Cowboy Bebop" haben die Japaner einen animierten Spielfilm nachgelegt. Eine Kopfgeldjägertruppe um Anführer Spike Spiegel (Kôichi Yamadera) und seine Mitstreiter Jet Black (Unshô Ishizuka), ein Ex-Polizist mit emotionalem Gespür, Faye Valentine (Megumi Hayashibara), eine attraktive und arrogant-selbstbewusst auftretende Frau, sowie Ed (Aoi Tada), ein Mädchen und Computergenie, wird durch eine hohe Belohnung angelockt. Das Geld wird ausgesetzt, nachdem ein tödliches Virus bei einer bewusst herbeigeführten Explosion in die planetare Umwelt gelangt. Spiegel will der Sache auf den Grund gehen. Dabei kommt er einer gefährlichen Verschwörung auf die Spur und muss sich mit seinen Leuten um den heimtückischen Ex-Soldaten Vincent Volaju (Tsutomu Isobe) kümmern, der ein grausames Ziel verfolgt.
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