Die unterirdische Menschenstadt Zion wird bedroht. 250.000 Wächter der Maschinen schicken sich an, den letzten Zufluchtsort der Menschheit auszulöschen. Der Vordenker und heimliche Anführer Morpheus (Laurence Fishburn), der fest an die Erfüllung der Prophezeiung des Orakels (Gloria Foster) glaubt, macht den Bürgern Zions Hoffnung, dass die Rettung nahe ist und der Erwählte Neo (Keanu Reeves) den Krieg gegen die Maschinen bald beenden werde. Auf der Erkundungsreise in der Matrix sammelt Neo weitere Erkenntnisse, trifft das Orakel und muss entscheiden, ob er der Frau trauen kann. Gleichzeitig muss sich Neo mit dem abtrünnigen Agenten Smith (Hugo Weaving) auseinandersetzen. Er hat einen Weg gefunden, sich fast beliebig zu duplizieren und attackiert den Auserwählten unnachgiebig. Bald macht Neo eine unerwartete Entdeckung und steht vor einer folgenschweren Entscheidung. Versagt er, ist Zions Ende besiegelt...
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