Beim neuen Auftrag von Motoko Kusanagi steht Kazuya Soga im Mittelpunkt. Man will ihn für seine grauenvollen Taten im Qhardistani-Krieg zur Verantwortung. Doch der Beschuldigte beteuert, nicht getan zu haben, was ihm vorgeworfen wird. Ein versteckter Beweis soll ihn von allen Vorwürfen freisprechen; Soga heuert „Sleeples Eye“ Batou an, um ihn zu finden. Nicht nur gerät Motoko bei ihren Untersuchungen mit Batou aneinander, auch ihr Logicoma-Roboter wird gehackt. Nun muss die Cyborg-Hackerin auch noch herausfinden, warum sich jemand dafür interessiert…
„Ghost in The Shell Arise: Border 2 - Ghost Whisper“ ist der zweite von vier Anime-Filmen, die eine Art Prequel zu den Mangas von Masamune Shirow darstellen.
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