Steuermann Hikaru Sulu (John Cho) ist in „Star Trek Beyond“ schwul und wird in einer kurzen Szene mit seinem Partner Ben (Drehbuchautor Doug Jung) und der kleinen Tochter gezeigt. Sulu ist damit die erste offen homosexuelle Figur im „Star Trek“-Universum. Doch ein Leinwandkuss bleibt Sulu und Ben vorenthalten, obwohl sich die Figuren in ihrer Szene wiedersehen, nachdem der Steuermann lange auf Weltraummission war. John Cho verriet im Interview mit Vulture, dass der Kuss gedreht wurde, dann jedoch nicht im Film landete.
Steven Sprung, einer der Cutter von „Star Trek Beyond“, widersprach Cho gegenüber dem Magazin Collider. Er habe sich alle Aufnahmen angesehen, ein Kuss sei nie gedreht worden.
Bei „Beyond“ handelt es sich um den ersten Film im „Star Trek“-Franchise, der überwiegend in Vancouver gedreht wurde und nicht in Hollywood. Alle bereits bestehenden Sets wie zum Beispiel die USS Enterprise wurden in einem Studio in der kanadischen Stadt neu aufgebaut. Zudem ist es der erste Teil der Kinoreihe, der nicht mehr auf 35mm gefilmt wurde, der erste Sci-Fi-Film von Regisseur Justin Lin und das erste Drehbuch, das Simon Pegg geschrieben hat und das keine Komödie ist.
Im August 2014 verkündete Paramount, dass „Star Trek: Beyond“ auf 2016 verschoben werden würde, damit der Film rechtzeitig zum 50. Jubiläum der Originalserie erscheinen kann.
Alle drei Hauptbösewichte der neuen „Star Trek“-Kinoreihe seit 2009 werden von Schauspielern dargestellt worden sein, die auch schon einen Comichelden von Marvel gemimt haben: Eric Bana aus dem ersten Teil spielte 2003 den titelgebenden „Hulk“, Benedict Cumberbatch aus „Star Trek Into Darkness“ wird 2016 als „Doctor Strange“ zu sehen sein und Idris Elba war schon als Heimdall in den „Thor“-Filmen zu sehen. Elba ist außerdem insgesamt schon der dritte Darsteller aus der „Thor“-Reihe allein. Chris Hemsworth, der bei Marvel den Donnergott gibt, war als George Kirk 2009 zu sehen und Joseph Gatt spielte im selben Film einen Wissenschaftsoffizier, während er im „Thor“-Franchise einen Frostgiganten spielte.