Bevor der Film in Deutschland zu Ende synchronisiert war, starb Thaddäus Tentakels Sprecher Eberhard Prüter, der ihm auch in der Serie seine Stimme lieh. Im Film wurde er durch Tobias Lelle ersetzt. Den Trailer hatte Prüter jedoch noch vor seinem Tod eingesprochen.
"SpongeBob Schwammkopf 3D" wurde fast zehn Jahre nach dem ersten Kinoabenteuer "Der SpongeBob-Schwammkopf Film" umgesetzt.