1937: Der chinesisch-japanische Krieg tobt und die Japaner nehmen die Stadt Nanjing ein. In der Folge kommt es zu Massenhinrichtungen von Soldaten und Zivilisten, sogar Frauen werden vergewaltigt. Eine Gruppe von Chinesen flüchtet in eine katholische Kirche, wo sie der amerikanische Priester John Miller (Christian Bale) vorerst versteckt halten ...