J.D. Dr Cox und der Hausmeister erkennen sich in Patienten wieder und komfontrieren sich damit mit ihren eigenen Problemen. J.D. versucht mit der Tatsache das er Vater wird fertig zu werden. Dr. Cox versucht seinen Jähzorn in den Griff zu bekommen. Elliot ist frustriert weil anscheinend jeder aus der Klinik, ausser ihr, ein Baby erwartet.
S06E02 - Mein Baby und sein Baby
Turk will unbedingt bei Carlas Geburt helfen, allerdings geht alles schief und letzendlich übernimmt Elliot die Hilfe bei der Geburt. Kim und J.D. beschließen, nach der Geburt von Carls's und Turk's Tochter, dass sie das Kind behalten möchten. Jordan kritisiert Dr. Cox, als er Jack wie einen Erwachsenen behandelt.
S06E03 - Mein Kaffee
Elliot hat einen besonderen Patienten, einen Arzt einer Privatpraxis, der alles besser weiß. Carla ist sich unsicher, ob sie wieder arbeiten gehen soll, deswegen schaut sich Turk nach anderen Einkünften um. Dr. Kelso eröffnet einen Coffeeshop, der direkt ans Sacred Heart angebaut ist. J.D. bricht seinen Eid und gibt medizinischen Rat außerhalb des Krankenhauses und nimmt dafür Geld an.
S06E04 - Mein Dr. House
Elliot lässt ihre Wut über Kelso an Turk aus. Carla zeigt Anzeichen einer Wochenbettdepression. Dr. Cox benimmt sich wie Dr. House, als er gegen Ende alle Rätsel der Episode aufklärt, unter anderem hat er die Lösung für einen Patienten mit oranger Haut. J.D. hat Probleme sowohl in seinem Privat und als auch im Arbeitsleben. Er kann einer Patientin nicht helfen und seine Frundin Kim hat ein Job in Washington angenommen.
S06E05 - Mein Neid
J.D. und Dr. Cox haben Probleme mit Elliots neuem Job in der Privatpraxis, da sie die Arbeit pünktlich um 5 Uhr verlässt und die Patienten einfach an andere weiter gibt. Dr. Cox und der Hausmeister entdecken eine unbenutzes Luxus Zimmer und streiten sich darum. Turk merkt das seine Frau Carla unter Depressionen leidet und versucht sie zu überreden Hilfe durch einen Arzt anzunehmen.
S06E06 - Mein Musical
Eine neue Patientin, die in Ohnmacht gefallen ist, sieht und hört alle um sich herum singen, auch wenn sie in Wirklichkeit nur reden, nachdem sie wieder aufgewacht ist. Carla möchte gerne arbeiten, jedoch entscheidet sie sich zunächst, zu Turk's Zufriedenheit, erstmal zu Hause zu bleiben. Elliot verlässt die WG mit J.D. und zieht in ein Haus. Schnell merkt sie, dass J.D. gerne mit einziehen würde.
S06E07 - Meine streitsüchtigen Kollegen
Dr. Kelso freundet sich mit einem neuen Patienten an, der verletzt aus dem Irakkrieg kommt.Der Soldat entfacht eine Diskussion über den Irakkrieg. Um mitreden zu können macht sich J.D. über den Irakkrieg schlau.
S06E08 - Meine Spritztour
J.D. macht eine Spritztour mit Carla, Elliot, dem Hausmeister, Keith und Ted um bei Kims ersten Ultraschall dabei zu sein und "leiht" sich dafür den Wohnwagen von Dr. Kelso. Kim erzählt J.D., dass sie eine Fehlgeburt hatte und das sie durch ein Jobangebot nciht mehr zu ihm zurückkehren wird. Dr. Cox möchte, nachdem Jordan es ihm ursprünglich erlaubt hatte, das Geschlecht von ihrem Baby erfahren. Jordans Baby muss im Mutterleib operiert werden und Dr. Cox bittet Turk dabei zu sein, da er selber nicht in den OP darf.
S06E09 - Mein Durchhänger
Elliot und Turk versuchen sich um J.D. zu kümmern, der immer mehr Probleme hat. Jetzt auch noch körperliche er leidet an einer seltenen Kreislaufstörung. Der Hausmeister tut so als wäre er auf einer Kreuzfahrt, was J.D. sehr glücklich macht. Doch bevor J.D. die Finte riecht ist es zu spät und er wir einen ganzen Tag an die Cafeteriadecke geklebt. Carla probiert ihre neue "Ich hab ein Kind" Ausrede.
S06E10 - Meine Abmachung
Turk muss wegen seinem gebrochenem Arm für vier Wochen in der inneren Medizin arbeiten, was Dr. Cox freut, da er ihn nun richtig ärgern kann. Elliot bittet Keith bei ihr einzuziehen, obwohl sie Zweifel an ihrer Beziehung hat. Brian Dancer beginnt mit seiner Physiotherapie und geht mit J.D. eine Wette ein.
S06E11 - Meine Erinnerungen
Ein neuer Patient kommt nach seinem Suizidversuch ins Sacred Heart und kann sich an nichts mehr erinnern. Das animiert die Angestellten und vor allem J.D. die Vergangenheit, im Sacred Heart, nochmals Revue passieren zu lassen.
S06E12 - Mein Goldfischglas
Der Patient aus dem Irakkrieg wird entlassen, wird aber nach kurzer Zeit wieder ins Sacred Heart eingeliefert. Er hat eine Überdosis Medikamente genommen, ums sich umzubringen. Die Angestellten schaffen es jedoch dem Patient gut zuzureden, damit er sein Leben wieder auf die Reihe bekommt.
S06E13 - Meine neuen Klamotten
J.D. und Turk versuchen das System zu umgehen, um Maggie Kentzu behandeln,die keineversicherung hat und eine alte Freundin von Dr. Kelso ist. Die gesamte Belegschaft muss braune Kleidung tragen, da die Angestellten die normale Kleindung für private Zwecke nutzt.Sam Thompson, ein "ehemaliger" Drogensüchtiger übernimmt ab nun die Drogenberatung. Er nimmt den Patienten die Drogen ab, mit dem Vorwand sie selbst zu nehmen.
S06E14 - Mein scharfes Kindermädchen
Elliot wird suspendiert, als sie einen Hund ins Sacred Heart schmuggelt, um einer Patientin einen Gefallen zu tun. Turk und Carla haben ein neues Kindermädchen, dass nicht nur nur gut aussieht, sondern auch noch klaut. Laverne eine Angestellte wird von einem Auto angefahren und liegt im Koma.
S06E15 - Meine Patenschaft
An den Folgen des Autounfalls stirbt Laverne und alle vom Sacred Heart verabschiedet sich bei ihr. Dr. Cox versucht die Geburt seines zweiten Kindes geheim zu halten, damit sie nicht auf ewig alle mit Lavernes Tod verbinden. Jordan ernennt JD zum Taufpaten, das er sich so sehnlich gewünscht hat. Sie überlässt ihm sogar die Namensgebung. J.D. nennt das Kind Jennifer Dylan, kurz JD, was Dr. Cox zur Verzweiflung bringt.
S06E16 - Mein tauber Patient
Die gesamte Sacred Heart Belegschaft kommt zu Lavernes Beerdigung. Dr. Cox merkt, dass er nicht einmal für 20 Minuten seine Ruhe haben kann. Wird aber durch Dr. Kelso darauf hingewiesen, das er es selber braucht, gebraucht zu werden. Turk und J.D. benötigen die Hilfe mit einem tauben Patienten zu kommunizieren, da bietet sich zu aller Überraschung der Hausmeister an. Es wird nicht klar, warum der Hausmeister die Gebärdensprache beherrscht.
S06E17 - Meine Nebendarsteller
Ted gerät in einen Streit zwischen Dr. Kelso und den Schwestern. Er stellt sich gegen Dr. Kelso und versucht einen Lohnerhöhung der Schwestern durchzusetzten. Jordan mischt sich in die Beziehung von Elliot und Keith ein, was nicht gut ist. Todd, der nun plastischen Chirurgie als seine Berufung ansieht, hat eine 16 jährige Patientin, die eine Brustvergrößerung bekommt, was Turk nicht für richtig hält.
S06E18 - Meine Eifersucht
Elliots College Freundin, Melody, kommt ins Sacred Heart, um sie zu besuchen. Keith macht Elliot einen Heiratsantrag, doch der Ring passt nicht. Zwischen Dr. Cox und Turk entsteht ein Wettkampf um einen Patienten. Turk kann den Wettkampf für sich entscheiden und bekommt den Respekt von Dr. Cox.
S06E19 - Meine kalte Dusche
Keith macht Elliot erneut einen Heiratsantrag, diesmal auch mit einem passenden Ring. Elliot lehnt diesen erneut ab, da es nicht der perfekte Heiratsantrag war, den sie sich vorgestellt hat.J.D. merkt wie viele Pärchen um ihn herum sind und findet das er an Keiths Stelle stehen sollte. Carla hat Probleme herauszufinden was zwei älteren Patienten fehlt, durch die Hilfe von Dr. Cox und Dr. Kelso findet sie heraus was das Problem ist.
S06E20 - Meine Reise nach Phoenix
Um J.D. abzulenken, der sich wieder in Elliot verliebt hat, nimmt Turk ihm mit auf eine Tagung nach Phoenix. Dort findet er heraus das Kim doch noch schwanger ist und das die Fehlgeburt gelogen war. Elliot plant weiterhin ihre Hochzeit mit Keith, fragt jedoch J.D. bezüglich der Heirat um Rat.
S06E21 - Mein Kaninchen
J.D. gibt seiner Beziehung mit Kim noch eine Chance, denn sie erwartet ja ein Kind von ihm. Turk lehnt eine riskante Operation ab, als er sieht, dass der Patient ein kleines Kind hat. Carla möchte für Elliot eine Jungesellinnenparty planen, doch Elliot nimmt das alles selber in die Hand, was verheerende folgen hat.
S06E22 - Meine Zukunft
Sowohl J.D. als auch Elliot sind total verzweifelt was die Beziehung zu ihren Partnern angeht. Dr. Cox versucht mit allen Mitteln Jordan davon zu überzeugen das J.D. nicht der Pate von ihrem Kind wird. Er bietet J.D. sogar einige Sachen an, als er merkt das er bei seiner Frau auf eine Mauer stößt. Jedoch kommt alles anders als erwartet.