Nach einem Zusammentreffen mit ihrem Ex-Freund Sean und einem Unfall in ihrem neuen Auto entscheidet sich Elliot dazu ihr Leben zu überdenken und sich einem makeover zu unterziehen. Währenddessen verzweifelt JD an einer Diagnose und bittet Dr. Cox vergeblich um Rat.
S03E02 - Meine neue Ära
JD fühlt sich von Turk im Stich gelassen, während sich Carla wegen einer unidentifizierten Urinprobe die Haare zerrauft und Elliot versucht ihre Karriere und ihr Privatleben in der Balance zu halten.
S03E03 - Mein Berater
JD hat Probleme damit seine Assistenzärzte zu trainieren und fragt Elliot um Rat. Die erzählt ihm von Seans großartigen Tipps, die aus seiner Arbeit als Delphin-Trainer abgeleitet sind. Unterdessen sucht Dr. Cox einen Arzt für seinen Sohn und hat auch bald einen scheinbar optimalen Kandidaten entdeckt.
S03E04 - Mein Stolz
Sean ist verärgert, als er von JDs und Elliots gemeinsamer Vergangenheit erfährt, doch es stellt sich heraus, dass seine Empörung nur gespielt war. Er will eigentlich nur erreichen, dass Elliot bei der Ankündigung seines sechsmonatigen Trips nicht an die Decke geht.
S03E05 - Mein großer Fehler
JDs Bruder Dan zieht bei ihm ein, nachdem der Verlobte ihrer Mutter ihn rausgeschmissen hat. Dan verbringt einige Zeit mit JD im Krankenhaus und wundert sich bald darüber, wie zynisch sein kleiner Bruder geworden ist.
S03E06 - Mein Handtaschentrick
JD trifft im Aufzug auf Danni und beginnt eine Konversation. Turk hat unterdessen Probleme mit Carlas nicht englisch-sprechendem Bruder Marco, der zu Besuch ist.
S03E07 - Meine fünfzehn Sekunden
Die Freundschaft zwischen JD und Danni zwingt Dr. Cox dazu mehr Zeit mit JD zu verbringen, was ihm ganz und gar nicht zusagt. Dr. Kelso beschädigt versehentlich sein Trommelfell, was ihn quasi taub macht und der Krankenhausbelegschaft die Möglichkeit gibt ihm ohne Konsequenz die Meinung zu sagen.
S03E08 - Meine Kollegin
Turk ist glücklich über seine erste Solo-Operation, Dr. Cox realisiert zähneknirschend, dass er langsam älter wird und JD muss feststellen, dass er den Hausmeister inzwischen besser kennt, als die meisten anderen Angestellten.
S03E09 - Mein Verzicht
Elliot hat Probleme damit, die Genitalien ihrer Patienten mit den korrekten medizinischen Bezeichnungen zu bennen ohne rot zu werden und Dr. Cox muss vorrübergehend bei JD und Turk einziehen, nachdem er einen schlechten Rat von JD annimmt.
S03E10 - Meine Regeln
Carla und Elliot versuchen einer sterbenden Patientin zu helfen ihre Jungfräulichkeit zu verlieren bevor sie stirbt. Unterdessen zieht Danni bei JD und Turk ein.
S03E11 - Mein sauberer Abgang
JD versucht mit Danni Schluss zu machen, doch sie kommt ihm zuvor, da sie realisiert hat, dass Elliot ihm immer wichtiger sein wird.
S03E12 - Mein Katalysator
JD meint in Dr. Kevin Casey endlich einen richtigen Mentor gefunden zu haben. Der Hausmeister und sein neuer Assistent helfen unterdessen Dr. Kelso mit einem Abfall-Problem.
S03E13 - Meine Offenbarung
Der Hausmeister installiert eine Toilette auf dem Dach, die sich bald bei der Krankenhausbelegschaft größter Beliebtheit erfreut.
S03E14 - Meine Schuld
Jordans Bruder und Schwester kehren zurück und Dr. Cox erfährt, dass sein an einem Krebsgeschwür leidender Schwager seit zwei Jahren keinen Arzt mehr besucht hat.
S03E15 - Meine sexistischen Kollegen
Jordans Freunde Allison und Maddie kommen zu Besuch um ihr Beistand zu leisten und Dr. Cox in den Wahnsinn zu treiben. Carla leitet einen Kurs gegen sexuelle Belästigung am Arbeitsplatz, an dem unter anderem auch Dr. Kelso teilnehmen muss.
S03E16 - Mein Schmetterling
Nach einem schrecklichen Tag malt sich JD aus, wie es alles wohl hätte besser laufen können.
S03E17 - Meine Freundin Carla
Carla wird von ihrem alten Schwarm zu einem Date eingeladen und sagt spontan zu. JD bekommt es mit und muss Carla versprechen Turk nichts davon zu erzählen.
S03E18 - Mein Freund Turk
Turk unterläuft ein Fehler bei einer Operation und muss sich nun mit seinem jungen Patienten auseinandersetzen.
S03E19 - Meine kniffligste Entscheidung
Sean ist zurückgekehrt und JD versucht sich mit seiner Ex-Freundin Danni über Elliot hinwegzutrösten.
S03E20 - Mein Fehler
Dr. Cox steht wieder mit Dr. Kelso auf Kriegsfuß, weil der im Krankenhaus Ganzkörpertomographien anbieten will um Geld zu machen. Danni vermutet unterdessen, dass JD immer nur das Unerreichbare will und konfrontiert ihn damit.
S03E21 - Meine Selbstprüfung
JD plagen Zweifel wegen seiner Beziehung zu Elliot. Die Hochzeit von Turk und Carla rückt derweil immer näher.
S03E22 - Mein bester Freund heiratet
Turk wird durch eine Notoperation von seiner eigenen Hochzeit ferngehalten und zwischen JD und Elliot kommt es zum Konflikt.