Nach den Anschlägen vom 11. September entwickelte der mysteriöse Computermilliardär Harold Finch (Michael Emerson) eine Maschine, die die Menschheit überwacht. Seine, an die Regierung übergebene und seitdem an einem unbekannten Ort versteckte, Maschine kann auf alle elektronischen Geräte zugreifen, so u.a. Unterhaltungen belauschen und E-Mails lesen, und diese Daten auswerten und so sehen, wo Anschläge geplant sind. Da die Regierung sich aber nur für große Terroranschläge interessiert, „gewöhnliche“ Verbrechen wie Morde ignoriert, hat sich der von den Geheimnissen seiner Vergangenheit geplagte Finch, der Aufgabe angenommen, diese Verbrechen selbst zu vereiteln. Ihn unterstützt dabei der Ex-CIA-Agent John Reese (Jim Caviezel), der den ganz eigenen Dämonen seiner dunklen Vergangenheit zu entkommen versucht. Da sie im Untergrund agieren, werden sie von den Behörden gejagt, doch damit nicht genug, denn Gefahr droht von allen Seiten: Verschiedenste Organisationen versuchen die von Finch entwickelte Maschine in die Hände zu bekommen, während New York längst der Schauplatz einer Auseinandersetzung ist, in der korrupte Cops und diverse Mafia-Banden mitmischen.